中医芳香疗法也已经有悠久的历史，早在殷商甲骨文中便有熏燎、艾蒸和酿制香酒的记载，至周代就有佩带香囊、沐浴兰汤的习俗。自东汉香料传入后，古人在焚香驱逐蚊虫，净化空气，预防疫病等方面更是有了新的突破，李时珍在《本草纲目》中就有记载，在疫气大行之时，可在室内用苍术、艾叶、丁香等药熏烟，为空气消毒。
现代形式的芳香疗法起源于20世纪20年代，法国化学家Rene—Maurice Gattefosse一次在自己家的香料实验室里不小心烫了手，在惊慌下立刻从身边瓶子里倒出薰衣草油涂在手上，他的手很快就痊愈并且没有伤疤，他认为这是因为薰衣草油的奇特效果，于是对精油的医疗特性非常感兴趣，并把这一新领域命名为“芳香疗法”。